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Nature：沙门氏菌如何"操控"肠道真菌作为感染"帮凶"？Nature——[48.5]
① 研究对象与方法：本研究利用小鼠感染模型、体外共培养体系及多组学方法，解析肠道共生真菌（白色念珠菌）与病原菌（鼠伤寒沙门氏菌（STm））的跨界互作。② 核心发现：白色念珠菌定植显著提高STm在盲肠的定植与向脾肝播散；该过程中STm通过主动操控白色念珠菌代谢，诱导精氨酸生成，从而增强自身毒力并抑制宿主免疫，最终加剧全身性感染。③ 分子互作机制：STm通过1型菌毛黏附白色念珠菌，并经III型分泌系统（T3SS）将效应蛋白SopB转入真菌，激活其精氨酸生物合成并诱导毫摩尔级释放。④ 代谢物双重作用：白色念珠菌释放的精氨酸一方面上调STm毒力基因并增强对肠上皮的侵袭，另一方面抑制宿主早期炎症反应（如IL-17与Cxcl1下降），减少中性粒细胞浸润。⑤ 因果证据链条：缺失精氨酸合成的白色念珠菌突变株arg4Δ/Δ不再增强STm致病性，而外源补充精氨酸可模拟STm伴念珠菌时的致病增强与炎症抑制表型。⑥ 临床启示价值：研究将白色念珠菌定植界定为STm播散风险因素，并将精氨酸确立为介导这种真菌-细菌-宿主三方互作的关键代谢物，提示抗真菌疗法可能为防治细菌感染提供新策略。
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Commensal yeast promotes Salmonella Typhimurium virulence
2025-09-03 , doi: 10.1038/s41586-025-09415-y
Nature：压力下的脑-肝"紧急对话"让血糖飙升，长期或促代谢紊乱Nature——[48.5]
① 研究对象与方法：本研究在小鼠中结合病毒示踪、空间转录组学、光遗传与化学遗传学等手段，系统解析急性应激触发的血糖调控环路。② 核心发现与机制：急性应激通过一条杏仁核-肝脏轴快速升高血糖，此过程独立于经典的肾上腺和胰腺激素，揭示了全新的血糖调控通路。③ 应激激活神经通路：应激优先激活内侧杏仁核（MeA）投射到腹内侧下丘脑（VMH）的神经元，进而经交感神经的多突触通路调控肝脏，促进肝脏迅速动员葡萄糖以应对应激。④ 功能实验验证：对MeA→VMH环路的光/化学遗传激活，可上调肝脏葡萄糖-6-磷酸酶等基因表达，快速促进肝脏糖异生，迅速为机体“战逃反应”等防御行为提供能量。⑤ 反复应激损害稳态：反复或间隔应激使MeA及MeA→VMH轴的活动逐步钝化，损害机体在应激下的血糖调控能力。⑥ 通路失调致代谢紊乱：长期性的MeA→VMH通路功能缺陷导致小鼠在标准饮食下体重增加，在高脂饮食下加剧高血糖与糖耐受不良，揭示了慢性应激诱发2型糖尿病的潜在神经机制。
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Amygdala–liver signalling orchestrates glycaemic responses to stress
2025-09-03 , doi: 10.1038/s41586-025-09420-1
Nature：审视超加工食品的健康争议（新闻）Nature——[48.5]
① 核心话题与观点：超加工食品（UPF）与多种健康不良结局存在关联，但将其作为一个整体类别用于研究与膳食指导的科学性与政策价值仍引发争议。② 全球消费现状：NOVA分类系统统计显示UPF在美国与英国的供能占比近60%，加拿大约48%、澳大利亚约42%，而意大利与罗马尼亚等国显著更低，近几十年全球消费上升。③ 流行病学证据：大型前瞻队列提示高UPF摄入者全因死亡风险约增4%，但当整体饮食质量较高时上述关联明显减弱。④ 随机试验证据：随机对照试验（RCT）显示自由摄食的UPF饮食每日多摄约500千卡、两周体重均值增0.9千克，提示能量密度与超适口性等因素可能驱动过量进食。⑤ 可能作用机制：高能量密度与更软质地可加快进食速度；低纤维UPF或致肠道菌群改变，短链脂肪酸（SCFA）与饱腹信号降低，并提高小肠能量吸收比例，从而促进能量过剩。⑥ 分歧与政策议题：批评者认为UPF范畴过宽、与营养组成高度耦合，应聚焦具体的营养成分（如糖、盐）和物理特性（如质地）进行改良与指导；多国指南已建议减少UPF并推动研究议程以优化营养政策。
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Are ultra-processed foods really so unhealthy? What the science says
2025-09-03 , doi: 10.1038/d41586-025-02754-w
郑啸等：肠拟杆菌代谢物IAA，或是化疗腹泻的背后元凶Gut——[25.8]
① 研究对象与设计：基于对接受伊立替康治疗的结直肠癌患者队列的多组学分析，结合小鼠和肠道类器官模型，肠道菌群在药物诱导的迟发性腹泻中的作用与机制。② 核心发现：腹泻易感者中，肠拟杆菌（Bacteroides intestinalis）富集，其基线粪菌移植可将对伊立替康肠毒性的敏感性传递给受体小鼠；吲哚-3-乙酸（IAA）在治疗期显著上升并与腹泻严重度相关，指向关键致病代谢物与预测信号。③ 关键致病机制：肠拟杆菌将色氨酸代谢为IAA，抑制肠上皮细胞PI3K-Akt信号通路，从而降低肠道干细胞增殖并削弱损伤修复；Akt激动剂可部分逆转该表型。④ 因果验证证据：小鼠模型中，单独定植肠拟杆菌或可合成IAA的工程菌，可加重伊立替康诱导的肠道损伤；抗生素处理或对照菌株则不致此效，确立“肠拟杆菌-IAA轴”的关键致病作用。⑤ 生物标志潜力：患者粪便中的IAA水平与腹泻严重程度密切相关，提示基线肠拟杆菌丰度和IAA水平可作为预测伊立替康相关肠毒性的潜在生物标志物。⑥ 理论与转化意义：该发现补充了以细菌β-葡糖醛酸糖苷酶（β-GUS）为核心的伊立替康毒性传统范式，揭示了肠菌代谢物在塑造化疗毒性个体差异中的关键作用，表明“肠拟杆菌-IAA轴”可作为减毒干预靶点。
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Bacteroides intestinalis mediates the sensitivity to irinotecan toxicity via tryptophan catabolites
2025-09-02 , doi: 10.1136/gutjnl-2024-334699
沈顺等："益生元盾牌"护航益生菌，增强结肠癌治疗Acta Pharmaceutica Sinica B——[14.6]
① 构建递送系统：开发一种基于益生元（菊粉）和明胶的“护盾”水凝胶（GI），包裹益生菌（罗伊氏乳杆菌（Lr）），形成“合生元水凝胶胶囊”（Lr@GI），在小鼠模型中检验其在结直肠癌治疗中的口服递送效率与疗效。② 核心治疗效果：Lr@GI显著提升Lr在胃肠道与肿瘤部位的存活与滞留，并通过多途径协同抑制肿瘤生长。③ 胃肠防护与定植：GI作为动态物理“护盾”，显著抵御胃酸、胆盐与消化酶，促进Lr在小肠、盲肠与结肠的定植。④ 氧化应激与免疫应答：Lr@GI耗竭肿瘤细胞内的谷胱甘肽（GSH），升高活性氧（ROS），进而激活NLRP3炎症小体信号通路，并诱导巨噬细胞向抗肿瘤的M1表型极化。⑤ 菌群代谢重塑：Lr@GI重塑失衡肠道菌群，提升有益菌与短链脂肪酸（SCFAs）水平，增强肠屏障蛋白ZO-1表达并参与抗肿瘤作用。⑥ 化疗协同增效：Lr@GI与5-氟尿嘧啶（5-FU）联用可进一步降低肿瘤负荷，较单药显示更强抑瘤效果。⑦ 安全性与转化：血常规、生化与组织学评估未见明显毒性，提示良好生物安全性与临床转化潜力。
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Improved prebiotic-based "shield" equipped probiotics for enhanced colon cancer therapy by polarizing M1 macrophages and regulating intestinal microbiota
2025-06-03 , doi: 10.1016/j.apsb.2025.05.040
丁克峰等：腺瘤切除后大肠癌监测，FIT可作为结肠镜替代方案PLoS Medicine——[9.9]
① 研究设计与人群：纳入中国国家筛查项目中5,911名腺瘤切除者，采用纵向队列并用CCW目标试验拟合，比较粪便免疫化学检测（FIT）随访与直接结肠镜的长期结直肠癌（CRC）风险。② 核心发现与效益：与拒绝随访者相比，按方案完成者CRC风险显著下降，FIT随访降幅44%（风险比HR=0.56），直接结肠镜降幅51%（HR=0.49），两种策略总体防护效益相当。③ 依从性是关键：FIT阳性而未接受后续结肠镜者，其CRC风险较直接结肠镜组增至6.64倍（调整后发病率比aIRR=6.64），提示阳性后结肠镜落实至关重要。④ 发病率比较结果：FIT阴性组为70.38/10万人年（PY），FIT阳性且依从结肠镜组为80.14/10万人年，与直接结肠镜组53.56/10万人年相比差异均不显著。⑤ 复发风险概况：从不饮酒与腺瘤复发风险降低相关（调整后比值比aOR=0.43）；而当前吸烟（aOR=3.72）、肥胖（aOR=3.21）及基线进展期腺瘤（aOR=3.30）显著增加进展期腺瘤复发。⑥ 临床实践启示：在资源受限与依从性欠佳时，完整FIT序贯随访可作为直接结肠镜的可行替代，需提升阳性FIT后的结肠镜依从；但因事件数少且属观察性研究，因果解读宜谨慎。
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Fecal immunochemical test surveillance in colorectal cancer following adenoma resection: A longitudinal, population-based linked cohort study in China
2025-09-02 , doi: 10.1371/journal.pmed.1004687
解析大肠癌脑转移的基因路线图Neuro-Oncology——[13.4]
① 研究对象与方法：基于2014-2024年二代测序（NGS）数据，纳入结直肠癌（CRC）患者，按取材部位比较原发肿瘤、颅外转移灶与脑转移（BM）灶的基因组特征。② 核心发现概述：相较未发生BM者，发生BM的患者其原发肿瘤更常见KRAS、BRAF、SMAD4变异，提示与脑转移风险相关。③ 脑转移分子特征：BM标本较颅外肿瘤显示更高的肿瘤突变负荷和更大的基因组改变比例，且TP53、SMAD4、MYC变异更为频见。④ 进展风险提示：在BM局部治疗后，携带SMAD4或PI3K通路变异者更早出现颅内进展的趋势。⑤ 证据层级界定：上述结论源自队列基因组比较与频率差异，提示潜在生物学驱动但仍需机制研究与前瞻验证。⑥ 临床应用意义：这些基因组关联为BM风险分层、治疗策略与随访监测提供线索，支持个体化管理与临床试验设计。
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Genomics correlates of brain metastasis and progression in colorectal cancer
2025-08-28 , doi: 10.1093/neuonc/noaf198
王坤等：瘤内菌群+MRI模型，有效预测乳腺癌新辅助治疗效果Radiology——[15.2]
① 研究对象与设计：多中心回顾性纳入2249例乳腺癌女性，基于治疗前与治疗中两次磁共振成像（MRI），构建并验证融合生境影像组学、深度学习（DL）与肿瘤内微生物组信息的模型，用于预测新辅助治疗（NAT）后的肿瘤缩小模式（TSP）。② 核心结论与价值：融合模型在内部与外部验证集的受试者工作特征曲线下面积（AUC）分别为0.89与0.87，显著优于任何单一时间点模型（P<0.05），可为保乳手术（BCS）规划提供可靠依据。③ 生物学关联证据：出现集中性缩小的肿瘤其肿瘤内微生物丰度更高（P<0.001），且入模影像特征与微生物丰度显著相关（Spearman r>0.8），为影像预测提供可解释性支持。④ 跨亚组稳健表现：在不同分子亚型（HER2阳性、HR阳性/HER2阴性、三阴性）与临床分期（II期、III期）中，融合模型均保持AUC约0.84–0.91，显示广泛临床适用潜力。⑤ 关键技术与评估：三维U-Net自动分达到高一致性（Dice系数0.88–0.96），并通过Shapley加性解释验证影像组学与DL特征对预测的独立贡献，提升了模型的性能与可解释性。
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Intratumoral Microbiome-related MRI Model for Predicting Breast Cancer Shrinkage Pattern Following Neoadjuvant Therapy
2025-08-26 , doi: 10.1148/radiol.243545
Cell子刊：膳食营养素玉米黄质可激活抗癌T细胞，增强免疫治疗Cell Reports Medicine——[10.6]
① 研究方法与发现：通过血液营养化合物库筛选，鉴定出植物来源的类胡萝卜素玉米黄质（ZEA）能特异性增强CD8+ T细胞的肿瘤杀伤功能。② 核心科学结论：口服ZEA通过增强CD8+ T细胞的效应功能及T细胞受体（TCR）信号，显著提升了小鼠体内的抗肿瘤免疫，并增強了免疫治疗的整体效果。③ 分子作用机制：ZEA可直接结合TCR复合物，促进其在细胞表面的聚集与刺激，进而激活下游关键的Lck-PLCγ-Ca²⁺-NFAT及NF-κB信号通路。④ 体内外功能验证：口服ZEA在多种小鼠肿瘤模型中均能有效抑制肿瘤生长，该作用依赖于CD8+ T细胞，而其结构异构体叶黄素（LUT）则无此活性。⑤ 转化潜力与协同治疗：ZEA不仅能增强小鼠及人类CD8+ T细胞的功能，还能与抗PD-1疗法协同抑制肿瘤，并提升人TCR基因工程T细胞的体外杀伤效果，具备作为膳食补充剂辅助肿瘤免疫治疗的潜力。
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Zeaxanthin augments CD8+ effector T cell function and immunotherapy efficacy
2025-08-28 , doi: 10.1016/j.xcrm.2025.102324
首个真菌mbGWAS，揭示人类遗传-肠道真菌-疾病风险三方关联PLoS Biology——[7.2]
① 研究设计与数据：利用人类微生物组计划（HMP）125例配对基因型与真菌组数据，开展首个真菌微生物组全基因组关联研究（mbGWAS），系统评估人类遗传变异与肠道真菌丰度的关联。② 核心发现概要：共鉴定148个真菌关联变异位点（FAVs），涉及7条染色体和9个真菌分类单元，确立人类遗传-真菌-疾病风险的三方联系。③ 关键基因定位：近半数FAVs位于PTPRC、ANAPC10、NAV2与CDH13等蛋白编码基因的内含子/非编码区，功能关联免疫调控、神经发育与心血管健康。④ 表达调控证据：部分FAVs为表达数量性状位点（eQTL），呈组织特异效应；例如与Kazachstania丰度增加相关的等位基因对应动脉组织CDH13表达下降。⑤ 疾病因果链路：CDH13内含子位点（如rs12929586、rs12149890）与缺血性心血管疾病显著关联；两样本孟德尔随机化（MR）提示Kazachstania与心血管风险存在因果联系，且风险等位基因携带者其丰度更低。⑥ 真菌生态特征：Kazachstania在人群中检出率达74%，其存在对应独特的肠道真菌组组成，且丰度随年龄增加而上升，与心血管疾病好发年龄趋势一致。⑦ 研究意义展望：本研究将微生物组遗传学从细菌扩展至真菌维度，为心血管等慢病的精准预防与干预提供新的遗传与微生物靶点。
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Gut fungi are associated with human genetic variation and disease risk
2025-09-02 , doi: 10.1371/journal.pbio.3003339
梁沛等Cell子刊：一种肠菌让害虫对农药的抗性"顾此失彼"Current Biology——[7.5]
① 研究对象与方法：该研究以全球头号抗药性害虫小菜蛾为模型，系统分析其肠道共生菌蒙氏肠球菌（Enterococcus mundtii）如何差异性调控宿主对化学农药毒死蜱和生物农药苏云金芽孢杆菌（Bt）的抗性。② 核心发现：蒙氏肠球菌在小菜蛾体内具有双重作用，其增殖显著提高宿主对毒死蜱的抗性，但同时会增强宿主对Bt的敏感性，揭示了由共生菌介导的化学与生物农药抗性拮抗关系。③ 化学抗性机制：蒙氏肠球菌依靠保守的细胞色素P450酶直接代谢降解毒死蜱，其在肠道中的丰度与宿主对毒死蜱的抗性水平呈正相关，中国16个野外种群中抗性高达102.8至1931.2倍。④ 生物增敏机制：Bt毒素破坏小菜蛾肠道屏障后，大量蒙氏肠球菌得以进入宿主体腔并引发败血症，显著提升Bt的致死效果，使毒死蜱抗性种群对Bt的敏感性成倍增加。⑤ 应用价值与策略：该研究提示通过轮换使用毒死蜱和Bt，可利用肠道菌群介导的抗性消长关系延缓抗药性演化，为害虫综合治理提供新思路。
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Symbiotic bacteria mediate chemical-insecticide resistance but enhance the efficacy of a biological insecticide in diamondback moth
2025-08-23 , doi: 10.1016/j.cub.2025.08.004
A20蛋白的"分子刹车"如何遏制肠道炎症？Journal of Clinical Investigation——[13.6]
① 研究对象与方法：构建A20锌指7（ZF7）点突变小鼠并行组织学、转录组与单细胞分析，证实其在肠道菌群与T细胞参与下自发发生近端小肠炎。② 核心结论：A20的ZF7结构域通过其M1-泛素（M1-Ub）结合功能，抑制辅助性T细胞17（Th17）的致病性活化，从而阻止IL-22驱动的肠炎。③ 细胞水平机制：ZF7突变导致小鼠肠道固有层Th17细胞自主性扩增，并过度表达RORγt转录因子及下游细胞因子IL-22和白细胞介素-17A（IL-17A）。④ 分子调控通路：A20缺陷通过上调RORγt，增强了Il22基因上游一个关键增强子区域的组蛋白活化修饰，从而在表观遗传层面驱动IL-22过量转录。⑤ 病理生理学功能：IL-22是驱动肠上皮增生、屏障功能受损和炎症的关键致病因子，而IL-17A在此模型中反而发挥保护作用，其缺失会加剧肠炎。⑥ 人类相关验证：利用CRISPR技术在人类T细胞中验证了A20的ZF7对RORγt和IL-22表达的抑制作用，揭示了其在克罗恩病等人类肠道炎症中的潜在致病机理。
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A20's linear ubiquitin-binding motif restrains pathogenic activation of Th17 cells and IL-22-driven enteritis
2025-09-02 , doi: 10.1172/JCI187499
Lancet子刊：心理生物学模型，解构肠脑互作障碍的风险与恢复之路（观点）Lancet Gastroenterology & Hepatology——[38.6]
① 可检验心理生物模型提出：本文在肠脑相互作用障碍（DGBIs）领域提出一个可检验的心理生物模型，旨在弥合基础机制与临床干预的转化断层，统一心理与生物过程并明确可测试的因果路径。② 风险恢复双路径：模型以对胃肠感觉的威胁解读为起点，区分风险路径（高威胁解读→激活恐惧→驱动回避与内感受威胁监测行为→功能干扰与情绪困扰）与恢复路径（低威胁解读→非评判性内感受觉察或趋近→价值生活），形成可循环的双轨过程。③ 优先级决定走向：个体对“优先降低症状不确定性”与“追求价值生活目标”的抉择决定路径走向；前者常强化监测与回避，后者促成接纳与暴露式靠近，提示干预的关键切入点。④ 脑肠双向通路整合：心理过程可经下丘脑-垂体-肾上腺轴、自主神经与神经免疫（如迷走神经、细胞因子）改变肠道运动、屏障与炎症，而外周输入再反馈至大脑，持续塑造症状循环。⑤ 临床与研究指引：该模型为脑肠行为疗法（BGBTs）及其技术（如暴露疗法、正念训练）提供明确靶点与中介/调节假设，并指引验证创伤史、慢性应激与不确定性不耐受对DGBIs病程与疗效的影响。
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The psychobiological model of disorders of gut–brain interaction: introduction of a novel, integrated, and testable model
2025-08-28 , doi: 10.1016/S2468-1253(25)00205-5
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